El casi septuagenario J. Edgar Hoover sabía que Kennedy buscaba sacarlo de la jefatura del FBI y planeó asesinarlo para que la transferencia del poder ejecutivo al vice Johnson allanara el camino a la suspensión de la jubilación obligatoria prevista por la ley al cumplir 70 años. Así, Hoover habría manipulado alguno de los complots de asesinato contra JFK o utilizado para matarlo al informante del FBI —según el fiscal general de Tejas, Waggoner Carr— Lee Harry Oswald y a otro informante, Jack Ruby, para silenciar a Oswald (Mark North, Act of Treason, 1992).

El tercer hombre del FBI, William Sullivan, encargado de la seguridad interna, murió en 1977 en una cacería sin poder dar testimonio a HSCA. Y el FBI, que venía siguiendo a Oswald desde 1960 por su deserción a la URSS, no sólo se abstuvo de informar al Servicio Secreto que Oswald trabajaba en un edificio junto a la ruta de la caravana presidencial, sino que desinformó a la Comisión Warren, aunque se alega que Hoover hubiera chantajeado a JFK antes que matarlo. No en balde guardaba en cuatro habitaciones de la sede del FBI expedientes personales de los políticos estadounidenses, repletos de indiscreciones.